Dentre os principais clientes da GISTRAN, nos últimos dez anos, incluem-se as seguintes instituições públicas e privadas:

- Ministério dos Transportes

- Departamento Nacional de Infraestrutura de Transportes DNIT

- Agência Nacional de Transportes Terrestres ANTT

- Departamento de Estradas de Rodagem de Tocantins DERTINS

- Departamento de Estradas de Rodagem do Estado do Rio de Janeiro DER-RJ

- Secretaria de Transportes do Distrito Federal

- Secretaria de Coordenação e Planejamento do Estado do Rio Grande do Sul

- CENTRAN – Centro de Excelência de Transportes do Ministério da Defesa

- Fundação de Amparo à Pesquisa e Extensão Universitária da UFSC

- ABRATI – Associação Brasileira das Empresas de Transporte Rodoviário Intermunicipal, Interestadual e Internacional de Passageiros

- Scania Latin America Ltda.

- Iveco Mercosul Ltda.

- SETRANSP-DF - Sindicato das Empresas de Transporte do Distrito Federal

- Viação Dedo de Deus Ltda.

- Viação Salineira Ltda.

- Viação São Pedro da Aldeia Ltda.